根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）第四条规定，纳税人丢失海关完税凭证的，凭报关地海关出具的相关已完税证明，在海关完税凭证开具之日起180天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。