问：张家港一般纳税人取得的增值税专用发票经认证后发现销货方违规作废，应该如何处理？

张家港纳税辅导回答：
《国家税务总局关于修订的通知》（国税发〔2006〕156号）规定，第十三条 一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。 作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按‘作废’处理，在纸质专用发票(含未打印的专用发票)各联次上注明‘作废’字样，全联次留存。

第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》(以下简称《申请单》，附件3)。 《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。 经认证结果为‘认证相符’并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。……

《河南省国家税务局关于印发的通知》（豫国税发〔2008〕101号）规定，第三条 审核检查的增值税专用发票，是指全国增值税专用发票稽核系统产生稽核比对结果为‘不符’、‘缺联’、‘属于作废’的增值税专用发票。 ……

第十九条 经审核检查，对不同类型异常增值税专用发票分别进行处理： ……（三）‘属于作废’发票 1、纳税人未申报抵扣的，按本办法第二十七条和第二十八条规定进行处理。 2、纳税人已申报抵扣的，通过核查子系统发出《增值税抵扣凭证委托审核检查函》给开票方主管国税机关进行审核检查。 ……

第二十七条 异常增值税专用发票的审核检查结果分为以下类型： ……2.一般性违规问题 一般性违规包括：销售方违规作废；购买方未按规定取得；……。 第二十八条 经区县主管局长批准，基层管理部门对审核检查结果分别进行处理： ……（二）属于企业问题中‘一般性违规问题’的，依据现行规定处理；……。

由于对方在不符合作废条件的情况下将专用发票作废，根据上述文件规定，需要由双方主管税务机关核查企业情况后，针对不同情况做出具体判定。